נראה כי ראש הממשלה דאז, משה שרת, לא קיבל דיווח על הפעולה. שר הביטחון לבון טען כי גם הוא לא ידע עליה דבר, אך ראש אמ"ן, אלוף משנה בנימין ג'יבלי, הצהיר שקיבל מלבון הוראה בעל-פה לבצע אותה. הרמטכ"ל משה דיין ראה אף הוא את שר הביטחון כנושא באחריות. ראש הממשלה מינה ועדת חקירה שכיהנו בה שני אנשים, אך ועדה זו לא הצליחה להגיע אל חקר האמת. עקב פרשה זו וחילוקי דעות סביב מדיניות החוץ של ישראל התפטר לבון בפברואר 1955, ודוד בן-גוריון חזר לכהן בתפקיד שר הביטחון.

שאלת חפותו או אשמתו של לבון נפתחה מחדש בשנת 1958, במהלך משפטו החשאי של "האדם השלישי", סוכן כפול שלפי הטענה היה מעורב במבצע במצרים. בסוף שנות ה-50 דחה בן-גוריון את פנייתו האישית של לבון לטיהור שמו, אך ועדה ששימשו בה שבעה משרי הממשלה קבעה שלבון לא נתן את ההוראה לג'יבלי ולא ידע על הפעולה במצרים. קביעת חפותו של לבון אושרה על-ידי הממשלה, ועקב כך התפטר בן-גוריון מראשות הממשלה, בהצהירו שבשל קשרים פוליטיים בין-מפלגתיים הממשלה אינה מסוגלת לשפוט בנושא. לאחר הבחירות לכנסת הרביעית בשנת 1961 התנה בן-גוריון את קבלת תפקיד ראש הממשלה ושר הביטחון בהדחת לבון ממשרתו כמזכ"ל ההסתדרות הכללית.

שנתיים לאחר מכן, בשנת 1963, התפטר בן-גוריון על רקע הפרשה, ובשנת 1964 דרש מראש הממשלה החדש, לוי אשכול, למנות ועדת חקירה בלתי תלויה כדי לקבוע אם "ועדת השבעה" של שנת 1961 נהגה כראוי. אשכול סירב. מאבק בנושא זה בוועידת מפא"י בשנת 1965 הסתיים בתמיכת 60% מכלל הצירים בעמדתו של אשכול. בן-גוריון, יחד עם קבוצת תומכים, ובהם משה דיין ושמעון פרס, פרש מהמפלגה והקים את רפ"י. לבון עצמו פרש מהחיים הציבוריים.