בנוסף לפונקציות המעין-שיפוטיות שלה, הכנסת היא גם זו שבאמצעות חוק-יסוד: השפיטה מעניקה לרשות השופטת את סמכותה, ומשפיעה על דרך עבודתה והחלטותיה באמצעות חוקיה. הכנסת היא זו הקובעת אלו מעשים מהווים עבירה על החוק, והיא יכולה להשפיע על העונשים המוטלים על-ידי בתי-המשפט, על-ידי קביעת עונשי מינימום או עונשים אבסולוטים.

באופן עקרוני יש לבתי-המשפט הסמכות לבטל חוק שחוקקה הכנסת המתנגש עם הוראות של חוק-יסוד. עד סוף כהונת הכנסת השלוש-עשרה לא בוטל בפועל אף חוק כזה, וזאת לאחר שבית-המשפט העליון ביטל החלטות של בתי-משפט מחוזיים בנדון. אולם, ב-25 בספטמבר 1997, החליט בית-המשפט הגבוה לצדק לבטל סעיף בחוק יועצי ההשקעות, מכיוון שהוא סותר את חוק היסוד: חופש העיסוק.

מדי פעם פונים חברי כנסת ואחרים לבית המשפט הגבוה לצדק (בג"ץ) בנושאים שעניינם נוהלי עבודתה של הכנסת והחלטותיה, לרבות החלטות על נטילת חסינותם של חברי כנסת. נטייתו של בג"ץ היא להמנע מלהתערב בענייניה הפנימיים של הכנסת, אך נקודת המוצא העקרונית שלו היא, שיש בידיו הסמכות להעברת ביקורת שיפוטית על הליכים פרלמנטריים. היו בעבר כמה מקרים שבהם קבע בג"ץ שחוק מסוים התקבל שלא ברוב הנדרש בחוק-יסוד: הכנסת, וביטל אותו. בענייני נוהל בג"ץ מוכן להתערב כאשר הוא חושב שקיים חשש לפגיעה בערכים מהותיים של מערכת המשטר החוקתי. כך, למשל, נענה בג"ץ לבקשת העותרים, חברי הכנסת אברהם פורז ושבח וייס ב-22 בדצמבר ,1991 והורה ליושב-ראש הכנסת, דב שילנסקי, להביא הצעת חוק מסוימת לקריאה שנייה ושלישית לא יאוחר מ-25 של אותו חודש. בהתיחסו לפונקציות המעין-שיפוטיות של הכנסת (בעיקר נושא הסרת חסינותם של חברי כנסת) מוכן בג"ץ להתערב בנושא ההליך אך לא במהות ההחלטה של הכנסת.